Duplicar archivos en la vista de proyecto de Android Studio

Encontré exactamente el mismo problema recientemente cuando creé un nuevo proyecto de Gradle e importé a IntelliJ. Sin embargo, la causa raíz parece ser el uso de enlaces simbólicos al importar el proyecto.

Tengo el siguiente enlace simbólico:

/data -> /Users/<user>/data 

Cuando originalmente importé mi proyecto, /data/checkouts/<project_dir> pero encontré que tenía archivos duplicados del directorio de nivel superior exactamente como se muestra arriba.

Sin embargo, eliminé el proyecto e intenté importarlo de nuevo, esta vez utilizando la ruta completa de /Users/<user>/data/checkouts/<project_dir> y encontré que ya no veo los duplicados.

No he visto este problema antes al importar un proyecto eclipse o Maven, por lo que sólo se puede imaginar que podría estar relacionado con el uso del complemento Gradle para IntelliJ.